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mrna轉(zhuǎn)錄組測(cè)序檢測(cè)

發(fā)布時(shí)間:2025-09-18

關(guān)鍵詞:mrna轉(zhuǎn)錄組測(cè)序測(cè)試周期,mrna轉(zhuǎn)錄組測(cè)序測(cè)試方法,mrna轉(zhuǎn)錄組測(cè)序測(cè)試案例

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來(lái)源:北京中科光析科學(xué)技術(shù)研究所

文章簡(jiǎn)介:

mRNA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序檢測(cè)是一種高通量測(cè)序技術(shù),用于全面分析細(xì)胞中所有mRNA的表達(dá)水平。檢測(cè)要點(diǎn)包括RNA提取質(zhì)量評(píng)估、文庫(kù)構(gòu)建完整性驗(yàn)證、測(cè)序深度控制、數(shù)據(jù)質(zhì)量分析和生物信息學(xué)處理準(zhǔn)確性,確保結(jié)果可靠性和科學(xué)價(jià)值。
點(diǎn)擊咨詢(xún)

因業(yè)務(wù)調(diào)整,部分個(gè)人測(cè)試暫不接受委托,望見(jiàn)諒。

檢測(cè)項(xiàng)目

RNA完整性檢測(cè):通過(guò)電泳或微流體技術(shù)評(píng)估RNA樣本的降解程度,確保RNA完整性數(shù)值符合測(cè)序要求,避免降解影響轉(zhuǎn)錄本定量準(zhǔn)確性。

RNA純度測(cè)定:使用分光光度法檢測(cè)RNA樣本的吸光度比值,評(píng)估蛋白質(zhì)和有機(jī)溶劑污染水平,保證樣本純度滿(mǎn)足文庫(kù)構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)。

文庫(kù)濃度檢測(cè):采用熒光定量方法測(cè)定cDNA文庫(kù)的摩爾濃度,確保文庫(kù)濃度在 optimal 范圍內(nèi),以提高測(cè)序 cluster 生成效率。

文庫(kù)片段大小分布:通過(guò)電泳或芯片分析測(cè)定文庫(kù)片段的長(zhǎng)度分布,驗(yàn)證片段大小是否符合測(cè)序平臺(tái)要求,避免大小偏差導(dǎo)致測(cè)序錯(cuò)誤。

測(cè)序深度評(píng)估:計(jì)算每個(gè)樣本的測(cè)序讀長(zhǎng)覆蓋轉(zhuǎn)錄本的深度,確保深度足夠用于基因表達(dá)定量,減少低覆蓋導(dǎo)致的統(tǒng)計(jì)誤差。

測(cè)序質(zhì)量評(píng)分:分析原始測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量分?jǐn)?shù),評(píng)估堿基 calling 準(zhǔn)確性,識(shí)別低質(zhì)量讀長(zhǎng)并進(jìn)行過(guò)濾以提高數(shù)據(jù)可靠性。

基因表達(dá)定量:使用算法將測(cè)序讀長(zhǎng)映射到參考基因組,計(jì)算每個(gè)基因的表達(dá)水平,提供轉(zhuǎn)錄本豐度的定量數(shù)據(jù)用于下游分析。

差異表達(dá)分析:通過(guò)統(tǒng)計(jì)方法比較不同樣本間的基因表達(dá)差異,識(shí)別顯著上調(diào)或下調(diào)的基因,支持功能研究和生物學(xué)結(jié)論推導(dǎo)。

可變剪切分析:檢測(cè)轉(zhuǎn)錄本的可變剪切事件,分析不同異構(gòu)體的表達(dá)模式,揭示基因調(diào)控機(jī)制和潛在功能變異。

功能富集分析:利用數(shù)據(jù)庫(kù)和工具進(jìn)行基因集富集分析,識(shí)別顯著富集的生物學(xué)通路或功能類(lèi)別,解釋表達(dá)數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。

檢測(cè)范圍

人類(lèi)血液樣本:用于疾病 biomarker 發(fā)現(xiàn)和免疫響應(yīng)研究,需確保RNA穩(wěn)定性和無(wú)溶血干擾,以獲取準(zhǔn)確轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

小鼠組織樣本:常用于動(dòng)物模型研究,如腦組織或肝臟,要求快速取樣和低溫保存以防止RNA降解。

植物根莖樣本:應(yīng)用于植物生理學(xué)研究,需處理高多糖和多酚含量,采用特殊提取方法保證RNA質(zhì)量。

微生物培養(yǎng)物:用于微生物基因表達(dá)分析,要求對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期取樣和快速RNA穩(wěn)定化,避免表達(dá)譜變化。

細(xì)胞系樣本:包括培養(yǎng)的哺乳動(dòng)物或昆蟲(chóng)細(xì)胞,需控制細(xì)胞狀態(tài)和傳代次數(shù),確保表達(dá)譜代表性。

臨床活檢樣本:如腫瘤組織,用于癌癥研究,要求無(wú)菌處理和快速冷凍以保持RNA完整性。

環(huán)境微生物樣本:從土壤或水體中提取,需處理低生物量和雜質(zhì)干擾,采用宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法分析。

發(fā)育階段樣本:如胚胎或幼蟲(chóng)組織,用于發(fā)育生物學(xué)研究,要求時(shí)間點(diǎn)精確取樣以捕捉動(dòng)態(tài)表達(dá)變化。

疾病模型樣本:包括轉(zhuǎn)基因動(dòng)物或感染模型,用于病理機(jī)制研究,需對(duì)照樣本設(shè)置和重復(fù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。

藥物處理樣本:應(yīng)用于藥理學(xué)研究,如細(xì)胞給藥后取樣,要求處理時(shí)間一致和溶劑對(duì)照,以分析藥物效應(yīng)。

檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)

ISO 20395:2019:生物技術(shù) - 測(cè)序方法驗(yàn)證要求,規(guī)定了測(cè)序流程的質(zhì)量控制參數(shù)和驗(yàn)證程序,確保數(shù)據(jù)可靠性和可比性。

GB/T 34796-2017:核酸測(cè)序質(zhì)量要求,中國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn),涵蓋了測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估指標(biāo)和報(bào)告格式,適用于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序應(yīng)用。

ASTM E3130-18:標(biāo)準(zhǔn)指南用于測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量,提供了測(cè)序數(shù)據(jù)生成和分析的最佳實(shí)踐,包括錯(cuò)誤率控制和驗(yàn)證方法。

ISO 20184-1:2018:分子體外診斷檢驗(yàn) - 測(cè)序工作流程,部分涉及RNA測(cè)序的質(zhì)量保證,要求樣本處理和數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)化。

GB/T 37872-2019:高通量測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制,規(guī)定了數(shù)據(jù)過(guò)濾、校準(zhǔn)和驗(yàn)證的通用要求,支持轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的準(zhǔn)確性。

檢測(cè)儀器

高通量測(cè)序儀:采用邊合成邊測(cè)序技術(shù),生成數(shù)百萬(wàn)讀長(zhǎng)數(shù)據(jù),用于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的核心設(shè)備,提供基因表達(dá)和變異信息。

分光光度計(jì):測(cè)量RNA樣本在特定波長(zhǎng)下的吸光度,評(píng)估純度和濃度,確保樣本質(zhì)量符合文庫(kù)構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)。

生物分析儀:通過(guò)微流體芯片分析RNA完整性 and 文庫(kù)片段大小,提供數(shù)字化數(shù)據(jù)用于質(zhì)量控制決策。

實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀:用于文庫(kù)定量和表達(dá)驗(yàn)證,通過(guò)熒光信號(hào)檢測(cè)擴(kuò)增曲線(xiàn),確保準(zhǔn)確性和靈敏度。

離心機(jī):用于RNA提取和純化步驟,通過(guò)高速旋轉(zhuǎn)分離樣本組分,保證RNA分離效率和樣本完整性

檢測(cè)報(bào)告作用

銷(xiāo)售報(bào)告:出具正規(guī)第三方檢測(cè)報(bào)告讓客戶(hù)更加信賴(lài)自己的產(chǎn)品質(zhì)量,讓自己的產(chǎn)品更具有說(shuō)服力。

研發(fā)使用:擁有優(yōu)秀的檢測(cè)工程師和先進(jìn)的測(cè)試設(shè)備,可降低了研發(fā)成本,節(jié)約時(shí)間。

司法服務(wù):協(xié)助相關(guān)部門(mén)檢測(cè)產(chǎn)品,進(jìn)行科研實(shí)驗(yàn),為相關(guān)部門(mén)提供科學(xué)、公正、準(zhǔn)確的檢測(cè)數(shù)據(jù)。

大學(xué)論文:科研數(shù)據(jù)使用。

投標(biāo):檢測(cè)周期短,同時(shí)所花費(fèi)的費(fèi)用較低。

準(zhǔn)確性高;工業(yè)問(wèn)題診斷:較約定時(shí)間內(nèi)檢測(cè)出產(chǎn)品問(wèn)題點(diǎn),以達(dá)到盡快止損的目的。

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