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普通轉錄組測序檢測

發(fā)布時間:2025-09-18

關鍵詞:普通轉錄組測序測試標準,普通轉錄組測序測試案例,普通轉錄組測序測試周期

瀏覽次數(shù): 6

來源:北京中科光析科學技術研究所

文章簡介:

普通轉錄組測序檢測是對RNA樣本進行高通量測序的專業(yè)分析過程,包括樣本制備、文庫構建、測序運行和數(shù)據(jù)分析等環(huán)節(jié)。該檢測注重RNA完整性、純度控制和數(shù)據(jù)質量評估,確?;虮磉_研究的準確性和可靠性,適用于多種生物樣本和科研應用。
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因業(yè)務調整,部分個人測試暫不接受委托,望見諒。

檢測項目

RNA提取純度檢測:通過分光光度法或微流體技術測量RNA樣本的吸光度比值,評估蛋白質和有機物污染程度,確保樣本純度滿足后續(xù)測序要求,避免雜質干擾測序結果。

RNA完整性數(shù)檢測:使用電泳或芯片分析評估RNA分子的降解狀態(tài),計算完整性數(shù)值,確保RNA樣本未降解,適用于準確基因表達分析,支持可靠數(shù)據(jù)生成。

文庫構建效率檢測:測定RNA片段化、逆轉錄和適配體連接的成功率,通過qPCR或熒光檢測評估文庫濃度和質量,確保測序前樣本準備充分,提高數(shù)據(jù)產出效率。

測序深度均勻性檢測:分析測序 reads 在基因組區(qū)域的分布均勻性,計算覆蓋深度變異系數(shù),確保數(shù)據(jù)無偏好性,支持全面轉錄本檢測和準確量化。

序列比對率檢測:評估原始測序數(shù)據(jù)與參考基因組的匹配比例,計算比對成功 reads 的百分比,確保數(shù)據(jù)有效性,用于下游分析如基因表達和變異檢測。

基因表達量化檢測:通過計數(shù) mapped reads 計算基因或轉錄本的表達水平,使用標準化方法如TPM或FPKM,提供定量數(shù)據(jù)用于差異表達和功能研究。

差異表達分析檢測:應用統(tǒng)計模型比較不同條件下基因表達變化,識別顯著上調或下調基因,支持生物學假設驗證和機制探索。

可變剪切事件檢測:分析RNA測序數(shù)據(jù)中外顯子連接模式,識別 alternative splicing 事件,評估轉錄本多樣性,用于研究基因調控和疾病機制。

Novel轉錄本檢測:從測序數(shù)據(jù)中識別未注釋的新轉錄本,通過從頭組裝和比對驗證,擴展基因組注釋,支持新基因發(fā)現(xiàn)和功能預測。

質量控制指標檢測:綜合評估測序數(shù)據(jù)的多個質量參數(shù),如Q30分值、重復序列率和GC含量,確保整體數(shù)據(jù)可靠性,用于報告生成和結果解讀。

檢測范圍

人類血液樣本:用于轉錄組分析檢測基因表達變化,在疾病診斷、生物標志物發(fā)現(xiàn)和個性化醫(yī)療研究中廣泛應用,提供非侵入性樣本來源。

動物組織樣本:包括器官和腫瘤組織,用于研究基因表達模式,支持發(fā)育生物學、癌癥研究和毒理學評估,需確保樣本新鮮或妥善保存。

植物葉片樣本:應用于農業(yè)和植物科學研究,檢測環(huán)境脅迫響應基因表達,改善作物育種和抗逆性分析,要求RNA提取避免多糖污染。

微生物培養(yǎng)樣本:包括細菌和真菌,用于基因調控和代謝途徑研究,在工業(yè)生物技術和病原體分析中重要,需控制生長條件一致性。

細胞培養(yǎng)樣本:來自體外培養(yǎng)的細胞系,用于藥物篩選和功能基因組學,檢測細胞狀態(tài)變化,要求無菌操作避免污染。

臨床活檢樣本:如腫瘤或炎癥組織,用于疾病分子分型和治療響應預測,支持精準醫(yī)療,需符合倫理和樣本處理規(guī)范。

環(huán)境微生物樣本:從土壤或水體中提取,用于宏轉錄組學研究微生物群落功能,評估生態(tài)系統(tǒng)健康,需處理復雜樣本背景。

發(fā)育生物學樣本:包括胚胎或不同發(fā)育階段組織,研究基因表達時序變化,揭示發(fā)育機制,要求時間點精確控制。

藥物研發(fā)樣本:用于評估化合物對基因表達的影響,在毒理學和藥效學研究中關鍵,支持新藥開發(fā)和安全評價。

食品安全樣本:如食品中的微生物或污染物,檢測基因表達指示污染或變質,應用于質量控制和風險評估,需快速樣本處理。

檢測標準

ISO 20395:2019 Biotechnology — Requirements for evaluating the performance of quantification methods for nucleic acid target sequences:提供核酸定量方法性能評估的指南,包括qPCR和dPCR,適用于轉錄組測序中的RNA量化和質量控制步驟。

ASTM E3134-19 Standard Guide for RNA Sequencing in Environmental Matrices:規(guī)定環(huán)境樣本中RNA測序的方法和要求,涵蓋樣本收集、處理和數(shù)據(jù) analysis,確保結果可比性和可靠性。

GB/T 34796-2017 核酸定量測序方法通則:中國國家標準 for nucleic acid quantification and sequencing methods,包括RNA測序的樣本準備、測序和數(shù)據(jù)分析規(guī)范,支持國內應用。

ISO 20186-1:2019 Molecular in vitro diagnostic examinations — Specifications for pre-examination processes for venous whole blood — Part 1: Isolated cellular RNA:針對靜脈全血樣本中細胞RNA的預檢過程規(guī)范,確保轉錄組測序前樣本處理標準化。

GB/T 37872-2019 生物樣本庫生物樣本質量要求:規(guī)定生物樣本的質量控制要求,包括RNA樣本的完整性、純度和儲存條件,適用于轉錄組測序檢測。

檢測儀器

核酸提取儀:自動化設備用于從各種樣本中提取RNA,通過離心柱或磁珠法純化核酸,確保高產量和純度,支持轉錄組測序的樣本制備步驟。

微流體分析系統(tǒng):集成芯片技術用于RNA質量檢測,如評估完整性和濃度,提供快速準確測量,在本檢測中用于樣本QC前驗證。

高通量測序平臺:大規(guī)模并行測序儀器用于生成RNA測序數(shù)據(jù),支持 millions of reads 產出,實現(xiàn)轉錄本覆蓋和基因表達分析,是核心數(shù)據(jù)生成設備。

生物信息學分析軟件:計算工具用于處理原始測序數(shù)據(jù),包括序列比對、表達量化和差異分析,提供統(tǒng)計結果和可視化,支持數(shù)據(jù)解讀和報告。

實時熒光定量PCR儀:設備用于驗證基因表達水平,通過熒光信號檢測RNA量,在本檢測中用于確認測序結果準確性和質量控制

檢測報告作用

銷售報告:出具正規(guī)第三方檢測報告讓客戶更加信賴自己的產品質量,讓自己的產品更具有說服力。

研發(fā)使用:擁有優(yōu)秀的檢測工程師和先進的測試設備,可降低了研發(fā)成本,節(jié)約時間。

司法服務:協(xié)助相關部門檢測產品,進行科研實驗,為相關部門提供科學、公正、準確的檢測數(shù)據(jù)。

大學論文:科研數(shù)據(jù)使用。

投標:檢測周期短,同時所花費的費用較低。

準確性高;工業(yè)問題診斷:較約定時間內檢測出產品問題點,以達到盡快止損的目的。

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